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三平祖师药签文化是三平祖师文化的重要组成部分。有营员表示，希望以后有机会能对其进行深入研究，从而将三平祖师药签文化发扬光大，让台胞更深入地了解“同根同源”的中医药文化，深化两岸中医药交流合作，推动两岸融合发展。

“此次到三平寺进行交流学习具有非常特殊的意义，不仅了解了义中禅师的医药学术造诣及丰富的中医药理，同时了解了两岸三平祖师文化信仰的一脉相承，深刻感受到两岸文化同根，中医同源。”营员赖彦升博士说。

“闽南医神”展厅展示了三平祖师精通岐黄之术、悬壶济世、救民于苦难的功绩，以及祖师药方对后世的影响。在“香火分灵”展厅中，营员们了解了三平祖师信仰从闽南、粤东辐射到台湾及东南亚，乃至于全球闽南华人地区的历史渊源故事。

维基中文官网入口在三平寺中，营员们对三平祖师75首药签49种中草药进行了解和初步分析，“纵观祖师药签，虽不能以偏概全，但奥妙深远，具有较高学术价值”。