收费车型执行《收费公路车辆通行费车型分类》（JT/T489-2019），项目全线车辆通行费收费标准为66元/标准车次，其中，东人工岛（起点）至西人工岛的收费标准为37元/标准车次、西人工岛至万顷沙枢纽互通的收费标准为23元/标准车次、万顷沙枢纽互通至横门互通（终点）的收费标准为6元/标准车次；1至4类客车的收费系数分别为1、1.5、2、3，其中3类客车、4类客车收费系数按前述系数的60%执行；1至6类货车的收费系数分别为1、2.1、3.16、3.75、3.86、4.09，专项作业车的收费标准参照货车执行。

另据南方+报道，6月27日上午，深中通道管理中心召开媒体通气会。会上透露，深中通道预计6月30日正式开通，上午举行通车活动，下午3时通车试运营。届时，深圳与中山之间的通行时间将从2小时缩短至半小时内，珠江口“黄金内湾”A字形交通网络骨架再添“关键一横”。

公开信息显示，深中通道是国家高速公路网G2518跨珠江口的关键控制性工程，北距虎门大桥约30公里，南距港珠澳大桥约31公里，起自深圳机场互通立交，向西跨越伶仃洋海域，通过万顷沙互通与南中高速连接，在中山市马鞍岛登陆，与中开高速对接。项目集“桥-岛-隧-水下互通”于一体，全长约24公里，是当前世界上综合建设难度最高的跨海集群工程之一。

黄驴网站6月27日，广东省交通运输厅官网公布《广东省交通运输厅 广东省发展改革委 广东省财政厅关于深圳至中山跨江通道车辆通行费收费标准的批复》，同意深圳至中山跨江通道及其附属设施交工验收（含收费系统联网检测）备案并通车运行后，方可开始收费。