2021年1月，美司法部对波音公司提起刑事诉讼，指控其密谋欺诈联邦航空局官员，在安全认证时未向后者全面披露该型客机新设的自动飞行系统相关信息。双方达成延期起诉协议，波音同意支付超过25亿美元的罚款和赔偿，并承诺进行充分合作，按要求实施合规和改进计划。延期起诉协议于今年1月7日到期。波音要向司法部证明其遵守了协议条款，司法部将做出评估，决定是否免于起诉。

多宝鱼保险官网美司法部6月30日就两起严重空难向波音公司递交一份协议，敦促其承认欺诈罪，否则将面临刑事起诉。接受认罪协议意味着波音还须支付近2.44亿美元罚款，并在未来3年至少投资4.55亿美元，以强化安全和合规措施。另外，政府选定的独立监督员将对波音公司进行3年的监督。

波音公司在一份简短的声明中确认，已与司法部达成协议。美司法部表示，预计7月19日之前向法庭提交书面认罪协议。但是，协议条款未达到遇难者家属的要求。美联社报道称，代表部分遇难者家属的律师表示，将请求法官驳回该协议。

今年5月14日，美司法部向得克萨斯州联邦法院提交信件称，波音公司违反了2021年达成的延期起诉协议，司法部将在7月7日前告知法院是否对波音提出起诉。而波音公司表示，其没有违反该协议。